Contexte géographique et environnemental
Le système lagunaire formé par les étangs de Berre et Bolmon, qui se situe entre la steppe de la Crau et l’agglomération marseillaise, est d’une superficie d’environ 160 km2 ce qui en fait une des plus étendues lagunes méditerranéennes d’Europe.
 L’étang de Berre a une superficie totale de 15 500 ha, un volume de 900 millions de m3, une profondeur maximale de 9,5 m et une profondeur moyenne de 6 m. Les limites de l’étang de Bolmon sont, au nord le cordon sableux du Jaï qui le sépare de l’étang de Berre et au sud une digue rocheuse qui le sépare du canal de navigation du Rove. D’une superficie de 578 ha, pour une profondeur moyenne de 1,5 m, l’étang de Bolmon a un volume total de 8,3 millions de m3.
L’étang de Berre et la mer sont reliés par le canal de Caronte creusé à –9 m, permettant l’alimentation en eau de mer par le sud-ouest de l’étang. L’étang était également en relation avec la mer par le tunnel du Rove entre 1925 et 1963, année d’un éboulement marneux survenu sous la chaîne de l’Estaque. En outre, cet effondrement a généré une dégradation extrême des eaux du canal, les échanges hydrauliques ne venant plus compenser les rejets des stations d’épuration et les apports directs. L’étang reçoit plusieurs cours d’eau, au régime hydraulique caractéristique du climat méditerranéen, l’Arc et la Touloubre au nord et la Cadière dans l’étang de Bolmon.
L’industrialisation des rives, l’exploitation de l’usine hydroélectrique de Salon-Saint-Chamas, l’explosion démographique sur tout le bassin versant naturel sont à l’origine de rejets toxiques ou excessifs par rapport aux capacités de réaction des milieux, d’une part rejets polluants industriels, domestiques et dans une moindre mesure agricoles, et d’autre part, apports importants et variables d’eau douce et de limons duranciens. Ces apports engendrent un fort déséquilibre du (des) milieu(x) : accumulation de sédiments, eutrophisation, anoxie, contamination chimique, contamination bactérienne (tous milieux), variations fortes et rapides de la salinité et stratification haline (étang de Berre). Ainsi, in fine, le fonctionnement biologique de ces lagunes s’en trouve gravement perturbé générant à la fois un changement et un appauvrissement des biocénoses, le développement d’espèces opportunistes ou d’hyper-eutrophisation, de fréquents et importants épisodes de toxicité par cyanobactéries ou botulisme. Les usages traditionnels, pêche et à fortiori aquaculture, chasse, toutes activités nautiques, s’en trouvent donc particulièrement contraints, voire interdits (BOLMON et Canal du ROVE) malgré une très forte demande locale.
Malgré un environnement aquatique fortement dégradé, les atouts écologiques, et en particulier ornithologiques sur le périmètre de l’étang de Berre sont très importants. La conservation de certaines espèces patrimoniales est un enjeu majeur sur les sites situés en périphérie de l’étang qui abritent des effectifs importants tout au long de l’année. Les milieux particuliers que sont les roselières et les marais salants constituent un habitat privilégié pour certaines espèces et leur préservation de toutes dégradations, qui pourraient directement affecter les espèces patrimoniales du site, est d’un grand intérêt. Ainsi sur le pourtour de l’étang de Berre sont répertoriés des Zones d’Intérêts Ecologique, Faunistique et Floristique (ZNIEFF) de type I et II ; des mesures de protection, les Zones d’Importance pour la Conservation des Oiseaux (ZICO) et les Zones de Protection Spéciale (ZPS) et des propositions de Sites d’Importance Communautaire (pSIC).
L’étang de Bolmon bénéficie de plusieurs statuts. Il s’agit d’une ZNIEFF de type II d’un grand intérêt ornithologique. Il est éligible au réseau Natura 2000 en tant que site de « marais et zones humides liés à l’étang de Berre » et proposé comme pSIC. Enfin, l’étang de Bolmon est un espace acquis par le Conservatoire du Littoral entre 1992 et 1999. Le cordon du Jaï est également un site remarquable ; il s’agit d’une ZNIEFF de type I présentant notamment un intérêt géologique.