De nombreuses espèces inventoriées et des objectifs de conservation ciblés.
Malgré un contexte très urbanisé et industrialisé, l'étang de Berre présente une grande diversité d'habitats naturels patrimoniaux (notamment humides), ainsi qu'une biodiversité importante nombreuses espèces animales et végétales protégées).
L'Union européenne a choisi d'y définir trois sites Natura 2000 :
- deux au titre de la Directive « Oiseaux » (CEE/79/409) que sont
les « Garrigues de Lançon et chaînes alentour » et les « Salines de l'étang
de Berre »,
- un au titre de la « Habitats, faune, flore » (CEE/92/43), à
savoir les « Marais et zones humides liées à l'étang de Berre ».
Le comité de pilotage du 8 septembre 2011 a validé la première partie du document d'objectif Natura 2000 de la ZPS « Salines de l'étang de Berre » et de la ZSC « Zones humides et marais liés à l'étang de Berre ».
On dénombre parmi les espèces d'intérêt communautaire inventoriées 6 chiroptères (petit et grand rhinolophe, petit murin, murin à oreilles échancrées, murin de Capaccini et Minioptère de Schreibers), 1 reptile (Cistude d'Europe), 1 odonate (Agrion de Mercure), 1 lépidoptère (Ecaille chinée), un coléoptère (Lucane Cerf-volant), 2 poissons (Toxostome et Blageon) et.100 oiseaux (dont 53 espèces migratrices régulières).
En ce qui concerne leurs habitats, 28 ont été répertoriés d'intérêt communautaire dont 5 classés prioritaires par l'Europe (Lagunes côtières, Mares temporaires, Bas Marais calcaire, Parcours substeppiques et steppes salées).
Les principaux objectifs de conservation sont : Gérer les niveaux et la qualité de l'eau, optimiser l'accueil des colonies de chiroptères et favoriser la nidification des oiseaux.