Eutrophisation
Naturelle ou accidentelle, la notion d’eutrophisation se réfère à un « enrichissement » des milieux aquatiques en sels nutritifs, surtout le phosphore et l'azote. Les conséquences sont diverses : le développement de phytoplancton et de macrophytes qui, lorsqu’ils deviennent excessifs, occasionne une gêne directe pour l’utilisation de l’eau ou du domaine aquatique, hypoxie ou anoxie du milieu mortelles pour la faune, augmentation de la turbidité de l’eau et diminution de la lumière disponible pour les végétaux benthiques, poussées d’espèces opportunistes toxiques. L'étang de Berre constitue ainsi un milieu globalement eutrophe, avec de fréquentes effloraisons algales (phytoplancton et macroalgues) et des phénomènes d’appauvrissement en oxygène de ses eaux. Le suivi de l’eutrophisation du milieu est donc un point essentiel dans la compréhension du fonctionnement de l'écosystème de Berre.
L'étang de Berre reste un milieu globalement eutrophe malgré une diminution des teneurs en sels nutritifs amorcée au début des années 2000. En 2009, les valeurs médianes des teneurs en nitrates, phosphates, azote total et phosphore total ont été respectivement de 4 µM (max 57 µM), 0.2 µM (max 2 µM), 49 µM (max 117 µM) et 0.8 µM (max 6 µM). La variabilité saisonnière est importante, les plus fortes valeurs en nitrates sont relevées en hiver (à la suite d’apports accrus par les tributaires), tandis que l’ammonium (produit de la dégradation) est plus abondant en période chaude. Les concentrations en azote et phosphore total, témoins du niveau trophique, sont également plus fortes en période chaude (jusqu’à la fin de l’automne). On note, en revanche, une relative homogénéité des concentrations entre la surface et le fond (y compris pour les phosphates, par ailleurs considérés comme de bons indicateurs du caractère anoxique des eaux de fond). Les teneurs en chlorophylle-a ont également diminué au début des années 2000. En 2009, elles étaient globalement comprises entre 2 et 40 µg.l-1 (valeur médiane de 8 µg.l-1) avec toutefois des pics à plus de 100 µg.l-1 en été, en surface. La transparence de l’eau est directement conditionnée à la charge en matière particulaire et ne particulier la charge en phytoplancton. A l’échelle de l’étang, des fortes turbidités peuvent être relevés durant les mois d’été, réduisant significativement la profondeur de la couche euphotique (1 % de la lumière incidente, généralement considérée comme la profondeur au-delà de laquelle la végétation aquatique ne peut plus se maintenir). Ainsi, en septembre 2009, la couche euphotique n’atteignait plus que 2.5 m de profondeur.
Sur la base des indices retenus par le RSL (Réseau de Suvi Lagunaire en Languedoc-Roussillon) et par la DCE, l’étang de Berre est classé dans un état « passable » à « médiocre » en terme d’eutrophisation. Les principaux paramètres déclassant restent la biomasse chlorophyllienne et les teneurs en oxygène dissous dans l’eau.
En terme de populations, les communautés phytoplanctoniques de l’étang de Berre sont composées d'espèces marines néritiques et saumâtres. Les diatomées sont dominantes, ce sont principalement des espèces de petite taille (i.e. Skeletonema costatum, Cyclotella sp., Phaeodactylum tricornutum, Cylindrotheca closterium). Les dinoflagellés présents (essentiellement au printemps) sont également des espèces de petite taille (des genres Gymnodinium et Gyrodinium). D’un point de vue quantitatif, les efflorescences les plus importantes sont observées au printemps et en été (au-delà de 20.106 cel.L-1 au mois d’octobre 2008). En ce qui concerne les dinoflagellés potentiellement toxiques, des espèces du genre Gymnodinium ont été identifiés, avec des concentrations qui restent, toutefois, très faibles au regard des densités des autres espèces. G. catenatum, espèce considérée comme inféodée à la zone sud de la Méditerranée semble faire partie désormais des communautés propres à l'étang de Berre et confirme l'extension de sa zone d'influence jusqu'au nord de la Méditerranée occidentale.