La trajectoire : les états historiques de référence de l'étang de Berre
Un écosystème a une trajectoire évolutive qui consiste en une séquence chronologique de ses stades dynamiques antérieurs.
 - - 7000 : l'étang de Berre se forme à la suite de la transgression flandrienne par le remplissage de la plaine à travers une vallée d’érosion incisant le massif calcaire. Ce passage profond se comblera ensuite naturellement par l’accumulation de sédiments, isolant l’étang de Berre de la mer.
- - 125 : les légions romaines creusent le chenal de Caronte, à – 2 m abaissant ainsi le niveau de l'étang, ce qui fait émerger l'actuel cordon sableux du Jaï séparant l'étang de Berre de l'étang de Bolmon (il s’agit d’une hypothèse)
- 1191 : aménagement des premières bourdigues entre les étangs de Berre et de Bolmon. Ces communications permettaient de piéger les poissons qui passaient d'un étang à l'autre.
- 1435 : creusement et aménagement de trois nouvelles bourdigues entre ces deux étangs
- 1863 : les communications entre l'étang de Berre et la Méditerranée réduites suite au comblement naturel du canal de Caronte (IARE, 1996), sont rétablies suite au creusement du chenal de Caronte, à – 4 m.
- 1907 : le chenal de Caronte est approfondi à – 6 m.
- 1925 : le chenal de Caronte est approfondi à – 9 m. Il s’agissait de permettre le passage de navire à fort tirant d’eau
- 1926 : ouverture du tunnel et du canal du Rove. Il s’agit de garantir la continuité fluviale entre le Rhône et Marseille. Une communication hydraulique supplémentaire entre l'étang et la mer (anse de l'Estaque) est ainsi aménagée.
- 1963 : effondrement du tunnel du Rove. Les échanges hydriques via ce tunnel sont totalement interrompus.
- 1966 : mise en service de la chaîne hydroélectrique de la Durance qui utilise l’étang de Berre comme milieu récepteur. De considérables quantités d'eau douce et de limons, provenant du détournement de la Durance, y sont alors déversées.
- 1993 : suite à un référendum d'initiative local, point d’orgue d’une importante mobilisation socio-politique pour la réhabilitation de l’étang, le plan Barnier impose les premiers quotas au concessionnaire de l’aménagement hydroélectrique.
- 2005 : une nouvelle série de quotas, plus contraignante, est imposée à la centrale de Saint-Chamas.
Cette chronologie permet de caractériser les alternatives suivantes :
Avant 1863 : L'étang de Berre est un milieu saumâtre très riche, avec des peuplements denses et étendus de macrophytes. La salinité est relativement constante, avec des variations spatiales et saisonnières liées aux variations des régimes des cours d'eau. L'étang appartient à un pays dominé par une économie rurale, caractérisée par de petites exploitations endogènes d'autosubsistance que côtoient de grandes exploitations bastidaires tournées vers une économie d'exportation et contrôlées par les villes de Marseille, Aix-en-Provence et Arles. Ce n'est que dans les zones les plus littorales que la pêche, le commerce maritime et le sel prennent le relais de l'agriculture. La présence de bourdigues permet de piéger de grandes quantités de poissons empruntant les passages entre les masses d'eau. Une pêche traditionnelle est également pratiquée dans l'étang. Ces activités participent à une forte identité culturelle et à la cohésion sociale au sein des villages. Une première phase d'industrialisation commence à l'ouest, avec la production de soude pour la savonnerie provençale, qui prend le relais de la saunerie alimentaire.
1863-1924 : les creusements successifs du chenal de Caronte entraînent une augmentation de la salinité de l’étang de Berre. Les biocénoses de l’étang de Berre sont typiques d’un milieu « Sables Vaseux de Mode Calme », avec une végétation variée de milieu côtier, accompagnée de vastes zones d’herbiers de Zostera. La végétation de l’étang de Bolmon est constituée d’espèces typiques des milieux lagunaires saumâtres qui accompagnent une biocénose de type Lagunaire Euryhalin et Eurytherme. Le monde rural est touché de plein fouet par les crises. L'agriculture devient maraîchère et voient sa superficie diminuer, au profit de la ville et des terres incultes. L'industrie de la soude, isolée et fragile disparaît tandis que des grands travaux d'aménagement des voies navigables sont réalisés. A la veille de l'ère pétrolière de Berre, Port-de-Bouc est la préfiguration de l'évolution de toute la région de l'Étang de Berre : un site dédié à l'industrie chimique accueillant des villes nouvelles, dotées de formidables structures portuaires et ferroviaires, le reliant à Marseille. Le passage d'une civilisation rurale millénaire à un civilisation urbaine et industrielle, est marqué par l'éclatement de la cellule villageoise, en laissant de côté les plus démunis, l'exode rural vers les premières concentrations industrielles, le désenclavement des campagnes et la spécialisation des cultures ; la pénétration des usages citadins qui ébranlent les valeurs traditionnelles des villages.
1925-1965 : La biodiversité des écosystèmes marins ne sont pas encore touchés par les industries : les biocénoses SVMC et LEE sont florissantes avec d’importantes zones de moulières et d'herbiers et gagnent les eaux du tunnel – canal du Rove. Le stock ichtyologique est abondant et se compose d’espèces typiques des milieux lagunaires accompagnées d’espèce à affinité marine. Cependant, en raison de la pollution chimique croissante, la contamination de la matière vivante entraîne en 1957 l’arrêt de la pêche professionnelle. Dans les années 1920, l'essor de l'aéronautique correspond à une nouvelle phase de l'industrialisation et enserre l'intégralité de l'étang de Vaïne. Dans les années 1930, l'essor des industries de raffinage inclut l'Étang de Berre dans une logique productiviste nationale. Les infrastructures pétrolières se développent, amenant la création de villes nouvelles à l'est et la constitution d'un réseau de transport de grande envergure : l'approfondissement du chenal de Caronte et l'ouverture du tunnel du Rove permettent de créer une voie navigable protégée majeure du port de Marseille à la vallée du Rhône. Au niveau culturel, l'ère du tourisme commence : la côté méditerranéenne attire été après été, un nombre croissant de touristes du nord de la France.
1966-1992 : Deux événements vont sinistrer les écosystèmes aquatiques, qui commencent à être lourdement affectés par les pollutions urbains, industrielles et agricoles : l'effondrement du tunnel du Rove en 1963, et la mise en service de la centrale hydro-électrique de Saint-Chamas en 1966. Dorénavant, ce sont, en moyenne, 4 milliards de m3 d’eau douce par an qui sont jetées dans le nord de l’étang de Berre. La salinité dans l’étang de Berre chute brutalement entraînant une diminution de la salinité de l’étang de Bolmon. Une stratification haline se met en place de manière quasi permanente, induisant des épisodes anoxiques de grande ampleur et isolant les eaux de fond, plus salées, du reste de la masse d’eau. Les espèces inféodées au milieu marin disparaissent tandis que les assemblages benthiques régressent fortement. Les pollutions industrielles, urbaines et agricoles, participent à la dégradation de la qualité de l'eau. La chute de la salinité des étangs entraîne la disparition des salins, abandonnés en 1966. L'industrialisation et l'urbanisation au pas de charge s'accompagnent d'un bouleversement culturel : après la pêche professionnelle, l'héritage rural, vieux de trois millénaires est pulvérisé par le gigantisme industrialo-portuaire. En particulier, avec l'aménagement du canal de Provence, la perception des cours d'eau change et les ruisseaux et l'étang de Berre ne sont plus perçus que comme un réceptacle à déchets.
1993-2005 : Dans l’étang de Berre, les variations temporelles de salinité restent importantes et la stratification haline perdure. La qualité chimique de l'eau s'améliore cependant grâce aux normes de rejets imposés aux industriels de la chimie et de la pétrochimie à partir des années 70 et en 1994, la pêche est à nouveau autorisée dans l'étang de Berre. Les milieux restent cependant très dégradés. Dans l’étang de Bolmon, les ceintures littorales de P. pectinatus disparaissent, les fonds meubles sont quasiment dépourvus de vie et la masse d’eau est le siège d’une prolifération de cyanobactéries. Le canal du Rove est gagné par l'eutrophisation. Un virage culturel se forme avec la prise de conscience des impacts environnementaux, l'implication des populations locales (référendum d'initiative locale de 1991) et la mise en place de mesures efficaces de protection environnementale : mise en place de stations d'épuration, plan Barnier. Au niveau économique, l'industrie lourde se restructure fortement à travers une externalisation croissante. Le développement économique va désormais reposer sur les besoins d'une population nombreuse.
2006-2010 : L'étang de Berre voit sa salinité maintenue entre 15 et 25 g/l, mais reste un milieu globalement eutrophe. Le Bolmon, isolé, se maintient à des salinités variant entre 5 et 10 g/l et à un stade trophique avancé. L'industrie a perdu du terrain mais a été relayée par le tertiaire qui s'est fortement développé : services aux entreprises, services à la personne, embryon de tourisme avec l'aménagement de plages sur l'étang. La gestion et la protection des milieux naturels sont à l'origine d'un tissu associatif dense.